Logo no início do jogo, o jogador é recrutado para a EPF através de uma série de testes promovidos pelos Puffles e pelo agente Dot, uma especialista em disfarces. A partir daí, o enredo se desenrola com uma sequência de missões que envolvem sabotagens, pinguins desaparecidos, equipamentos danificados e conspirações misteriosas. Tudo isso é feito com o humor e o estilo leve característicos do universo Club Penguin, mas com um foco muito maior na aventura e na narrativa do que na versão tradicional online.
O jogo se destaca por aproveitar bem as funcionalidades do Nintendo DS. A tela sensível ao toque é usada para interagir com objetos, resolver puzzles e controlar gadgets especiais. Há também minijogos inspirados em atividades do Club Penguin original, como pesca, trenó e dança, além de áreas novas exclusivas para a versão portátil. Durante as missões, o jogador pode usar um conjunto de equipamentos como o Com Scanner, o Disfarce Instantâneo e o modo Visão Noturna, todos fundamentais para o sucesso nas tarefas.
Um ponto interessante é que o jogo se conecta ao mundo do Club Penguin online. Era possível, por meio de códigos, transferir moedas coletadas no jogo do DS para a conta do jogador na versão web, integrando as experiências. Isso incentivava os jogadores a explorarem o jogo portátil não apenas pela história, mas também pelos benefícios que trazia à sua vida virtual na ilha. Além disso, o jogo foi tão bem-sucedido que ganhou uma continuação: Club Penguin: Elite Penguin Force – Herbert’s Revenge, lançada em 2010, com foco total na luta contra o vilão Herbert.
Elite Penguin Force para DS marcou um momento em que Club Penguin ampliou seu universo e narrativa de forma significativa. Ele apresentou novos personagens, fortaleceu a mitologia da EPF e ofereceu aos fãs uma maneira interativa e portátil de mergulhar no papel de agente secreto. Até hoje, é lembrado com carinho por muitos como uma das experiências mais completas e imersivas que a franquia já ofereceu fora do navegador.
